お答え頂きありがとうございます。質問しといて申し訳ないのですが、
要点を書こうとして略しすぎてしましました。%fを%lfにしてもだめで
した。問題は別のところにあったようです。もう一度ご教授ください。

void scan_value(value a){
printf("\nベクトルの要素1を入力してください。");scanf("%lf",&a.a1);
printf("ベクトルの要素2を入力してください。");scanf("%lf",&a.a2);
printf("ベクトルの要素3を入力してください。");scanf("%lf",&a.a3);
printf("\n");
}
という関数を作って、main関数の中で
struct value value_a;
scan_value(value_a);
となってます。
全部書くのもあれなのでまた略してます、すいません。
この辺が問題のようなので。
お願いします。