^Kなのか。\nに\rがつくというならまだわかるんだが。
とりあえず標準出力はテキストモードで、
リダイレクトした際には吐き出すディレクトリのマウントモード(だっけ?)に
依存しそうだから、stdoutをfreopenかなんかでモード変えてみたらどうだろう。