>>247
症状は全然ちがうけど、同じように.NET側で確保した領域をポインタ渡しする処理で
原因不明のトラブルで悩んだことがあったけど、(.NET FrameworkはVer1.1)
このあいだでたSP1のFrameworkをインストールしたら解消した。

もしまだSP1にしてなければ試してみては？