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恥ずかしながら公開します。
部分的ですが。

// ファイルオープン(出力ファイル名=ofilename)
FileWriter fw = new FileWriter(ofilename);
//バッファ書き出しコンストラクタ定義
BufferedWriter bw = new BufferedWriter(fw);
//バッファ書き出しコンストラクタ定義(入力ファイル名=A[i])
BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(A[i]), "SJIS"));
//一行読み込み
lineStr = fileLine;
//出力
bw.write(lineStr +"\n");

こんな感じです。よろしくお願いします。