他人が作った Java Beans(JAR ファイルに格納されている)を
自分のアプレットから使うときって
その JAR ファイルも一緒にパッキングしなくちゃならないんですよね?

その場合 {自作のクラスファイル、Beans が入った JAR ファイル} を纏めるんですか?
じゃあ、JAR ファイルをそのままもういちど JAR にしてしまっても大丈夫なんですか?