pack()とかつかってないということだろう。
JBuilderもそうだけど、JFrameとかJDialogとかはタイトルバーや
四方のインセットも含めてのサイズ指定が必要。

インセットを取得してそれを計算してサイズ調整しないと
環境によって表示が崩れる。
Swingの基本は推奨サイズを指定していってその結果
ウインドウサイズが決まるというもの。
各コンポーネントも環境によって必要サイズが違うからね。
また、環境をWindowsに固定したとしてもXPと従来のクラシックスタイルとでも
タイトルバーの太さとかかなり違うのは知っているだろう。