>10secの間に10ms毎にfoo()を100回呼び出したいのですがどうすればいいでしょうか？

WindowsはRTOSでは無いので、WindowsCEを使うとか、こんなのを使うとか。
>Real Time Extension (RTX)
http://www.vci.com/products/windows_embedded/rtx.asp