windows上でActivePerl(5.8.4)と5.8.5(自ビルド)を使っていますが、
いずれも、
print "\n";
だと、0d0aが出力されますが、
use encoding "XXXX"; # sjis と utf8 しか試してませんが
print "\n";
だと、0aしか出力されません。

encodingってこのような仕様なのでしょうか?
use encoding する/しないで \n の意味を変えないように
する方法とかありますでしょうか?

print "\r\n"; だと、use encoding しない時は 0d0d0aが出ます。(当然)