うっ、勘違いしてた。

my %report;
while(<DATA>){
my ($char, $name) = m/^>(\w)\s+(\w+)/;
die unless defined $char;
$report{ $name }{ $char }++;
}

for my $name(sort keys %report){
my @moji = grep { $report{ $name }{ $_ } == 1 } keys %{$report{$name}};
next if @moji == 0 or @moji == 1;
print "$name @moji\n";
}

暇だね。俺って。。。