>>338の続きです。

また、もう一つの問題として、
ファイル１
>H0005 gtgaaaaagatgcaatct
>cear gtgaaaaagatgcaatct
>
...
ファイル２
>N0005 gtgaaaaagatgcaatct
>cear gtgaaaaagatgcaatct
...
のように同じ塩基配列のものが複数ある場合があったのですが、この時は
「遺伝子名で同じものがない時は、適当に遺伝子名のペアをつくり、　
塩基配列　ファイル１の方の遺伝子名　ファイル２の方の遺伝子名
と出力し、上の例のcearのように、遺伝子名で同じものがある時は、
それを優先的にペアにして出力（つまり、
gtgaaaaagatgcaatct　H0005　N0005
gtgaaaaagatgcaatct　cear cear
のように出力）する」にはどのようなプログラムを書いたらよいのでしょうか。
＊同じファイル内だけで同じ塩基配列の遺伝子があってもそれは表示しません。

言葉足らずですみませんが、どなたか方針だけでも教えてください。