>>255、>>336です。
>>337のように直したら、きちんとprint されましたが、結果がおかしい
ものになっていました。
原因を考えようと、二つのファイルの形式を見直したところ、使うファイルは、
>遺伝子名（b0005とか）　塩基配列（atgatgcgとか）
というデータが羅列されているのですが、

ファイル１
>b0005 gtgaaaaagatgcaatct
>cat gatagtcgacccaggtcccga
>yaaA atgctgattcttatttca
>Zaw atgaggttggccccccca
...
ファイル２
>Z0005 gtgaaaaagatgcaatct
>yaaA atgctgattcttatttca
>Eae atgagagagagccgagccgag
...
のyaaAのように、比較するものが必ずしも同じ行でないことが原因ではないかと
思いました。