できますが、プロジェクト設定が違うので修正が必要になります。
プロジェクトのプロパティから設定するか、または手作業で.projectや.classpathを修正することもできます。

ただ、CVS管理下にある設定ファイルを更新することになるので、
コミット/更新時に注意が必要になります。
下手にコミットしてメンバー全員にトラブルの種を振りまいたり、
更新して今までの設定を消してしまったりしないように注意。

その他、先にプロジェクトを作っておいて、その中にCVSのモジュールの一部を
チェックアウトするという方法も可能です。
この場合、プロジェクトフォルダ直下にある設定ファイルがCVS管理下におかれないので、
前述の問題はありません。
ただ、プロジェクトフォルダ直下のファイルをCVSで管理できませんが、
WSSDのWebプロジェクトは、ソースがJavaSourceフォルダにに、
Web関連のファイルはWebContentフォルダに置かれるので、問題ないでしょう。
てか、問題ありませんでした。体験談です。