コンフィグのほうはエクリプスがバックアップの仕組みを持ってる。
メタデータのほうは行儀が良いプラグインはpreferencesでのエクスポートに対応してる。
どちらもantのオプショナルタスクを自分でかけば中から叩けるから調べてみれ。