>>778
ありがとうございます。/* 色々な作業 */の所は今の所全てコメントアウトしているので、
多分関係ないのではないか、と思います。

2ファイル目でfin.openが失敗して(多分) if(!fin)が成り立ってreturn FALSE実行される↓
fin.open((LPCTSTR)(dirname + "\\" + filename));// dirname\filenameのファイルを開く(CString->char*)
if(!fin)return FALSE; // ファイルのオープンに失敗したらFALSEを返し終了
while(getline(fin, line)){// 1行取って来る(失敗したら終了)
/* 色々な作業 */
}
fin.close();

if(!fin)が成り立たず、全てのファイルでfin.openが成功しているのを確認↓
fin.open((LPCTSTR)(dirname + "\\" + filename));// dirname\filenameのファイルを開く(CString->char*)
if(!fin)return FALSE; // ファイルのオープンに失敗したらFALSEを返し終了
// while(getline(fin, line)){// 1行取って来る(失敗したら終了)
// /* 色々な作業 */
// }
fin.close();

こんな感じです。