以下の部分が全画面表示することは分かりました。
GraphicsDevice device;

GraphicsEnvironment ge = GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment();
device = ge.getDefaultScreenDevice();
GraphicsConfiguration gc = device.getDefaultConfiguration();

try{
JFrame frame = new JFrame(gc);
frame.setUndecorated(true);
device.setFullScreenWindow(frame);
frame.setVisible(true);
}catch(Exception ex){
device.setFullScreenWindow(null);
System.exit(0);
}
でも今まで自分はjavaswingではなくjava2d?を使ってきました。←おかしな表現ですが・・・
MyUniverse universe = new MyUniverse(this);
Canvas3D canvas = new Canvas3D(config);
以上のような感じです。
その結果ウィンドウが２つに・・・
1つにするためにはjavaswingでプログラムを１から書き直すしかないのでしょうか？