最近のcygwinはGLUTが最初から入っていると
いうことなのでGLUT.hを検索すると色々なディレクトリに
入っていてどこがどこやら・・・
見つかったディレクトリは

c:/cygwin/usr/include/FL
c:/cygwin/usr/include/mingw/GL
c:/cygwin/usr/X11R6/include/GL

GLUTはcygwinのsetup.exeからダウンロードした時点では
まだインストールされていない？のでしょうか