すっぽ抜けのパターンは大抵この２つ。
１．当たり判定で座標計算そのものを間違えている
２．キャラの移動と当たり判定の処理順がおかしい

１．のパターン
キャラＡがキャラＢの手前から向こうへ移動しようとするとき、
移動量がキャラＢの大きさより大きくて、キャラＡがキャラＢと
重なることなく向こう側へ行ってしまった場合。
このように移動量が対象物体より大きくなる可能性がある場合は、
単純に移動後のキャラＡとキャラＢの座標を比較するのではなく、
キャラＡの移動前後の座標とキャラＢの座標をそれぞれ比較して
当たったかどうか（追い抜いたかどうか）を判定する。

２．のパターン
キャラＡの移動→キャラＢの移動→当たり判定の順だとすっぽ抜ける。
キャラＡの移動→当たり判定→キャラＢの移動、の順にして、
キャラＡを移動させてキャラＢ（移動前）と当たっていればキャラＢの
移動処理を行わないようにする。
キャラＡ、キャラＢがそれぞれ複数ある場合（シューティングの自弾と敵機）、
ともに当たり判定のフラグを持っているとその後の処理がやりやすくなる。
自弾（キャラＡ）を移動して、当たり判定をして、当たった自弾と敵機（キャラＢ）
双方の当たりフラグを立てる。
キャラの生死や描画／消去はこのフラグを見ればいい。

実際にはソースを見ないと何とも言えないけど（ぶっちゃけ見る気はないけど）。
まさか２つの領域（四角形領域）の重なりを判定する式自体を間違えているとかは勘弁な。