まず、

@a = split /,/, $hoge;

する。 validなデリミタで区切られたところならば、
たとえば、 $a[0]の末尾は 「"」 or [0-9]で、なおかつ、
$a[1]の先頭も同様。それ以外なら $a[0]と$a[1]を連結すると。

でも、セル(?) の中身が 「"...",1,2,3,"hogehoge"」だったら
原理的にどうやっても破綻するんだから、これはPerlの問題じゃなくて
そのヘッポコ元データを出してきた奴(客?)との交渉術の問題だろう。

理屈で攻めて飯でもおごらせろよって感じだなあ。