トリミングする位置とサイズが
絵柄を見ないと判断できないなら自動化は多分無理

キャプチャーソフトが外部から操作するAPIを持っていて
かつPerlがそのAPIへのインターフェースを持っていなければ
多分無理

JPGに保存してからImageMagickとかで処理するという手もある