ちなみに今は以下の感じで、読んだ内容を配列に入れて p に渡して書き込もうと思ってます。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main(void)
{
char str[];
FILE *fp0;
FILE *fp1;
char *p;
int i;
(fopen省略 引数にfp1 fp2 を指定)
for(;;) {
i = fgetc(fp1);
if(i == EOF) break;
}
while(*p){
if(fputc(*p, fp0)==EOF){
printf("ファイル書き込みエラー\n");
exit(1);
}
p++;
}
fclose(fp0);
fclose(fp1);
return 0;
}