>>986 なんかあやしいなあ。R3.0系のコンパイラのバージョンは
v0.4xx。決してv0.3xxがでることはない。正しくは
$ java -cp jdtcore.jar org.eclipse.jdt.internal.compiler.batch.Main -version
Eclipse Java Compiler 0.449, Copyright IBM Corp 2000, 2004. All rights reserved.
つーか、
>3.0.0:
>Eclipse Java Compiler 0.315_R21x, Copyright IBM Corp 2000, 2004. All rights reserved.
これ、R21xのタグついてるってことはR2.1.xのメンテナンスブランチから
持ってきたjdtcoreってことなんだけど、やってること大丈夫?

で、心配事の本質が単に「コーディング時とリリース時に使われる
コンパイラが違うのが困る」というだけなら、
(1)コーディング時にSDK中のjavacを使う。
(2)リリース時にeclipse中のコンパイラをantから呼び出す。
の二通りの解決法が考えられるが、どちらも可能。
(1)の方法だとJavaエディタの支援機能の設定とjavacの設定が
ずれるとかなりはまるから、できれば(2)だろうね。

>Eclipseのメニューからビルドをしないようにして、全てAntで行うようにすれば
>問題は解決するのでしょうか。
それでもいいけど、Eclipseのビルドプロセスは自分でカスタマイズできて
Eclipse中のコンパイラを走らせる代わりに任意のantスクリプトを
走らせることができる。こっちのほうがわずらわしくないかもね。