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サンプル見てみたけど、FONT_MAP に put してる
フォントオブジェクト作成する際の物理フォントのファイルパスを
プロパティファイルか何かで取得するようにすれば
それで用件が満たせそうな気がする。

・デザインファイル(*.jrxml)は一つ
・コンパイル済みデザインファイル(*.jasper)は一つ
・プログラムは一つ
・プロパティファイルは開発用と本番用の二つ

実際に試してみてないのでこれで行けるとは断言できんけど。

＞それっぽい事
具体的にどんな事をしたんでしょうか。