よく分らないけどメッセージハンドラ内でどうしても処理が長くなるのなら
処理をスレッドに配置してスレッド起動をして、そのままメッセージハンドラを抜けてしまえばいいんじゃない？
ってか何をするのかによる。本当に長い計算をするのならスレッドにすればいいと思う。
何かを待つのなら・・・何を待つのか聞きたい。