追記です。
request.CookieContainer.SetCookies(request.Address,"session-id-time=xxxx,session-id=xxxx…");
というふうに、Cookieファイルの内容を直接記述したら受理されました。
プロクシの設定みたいに、デフォルトの値を取得できないもんでしょうか？

>>749
Application.ExecutablePath　でアプリケーションのフルパス(x:\hoge\hogehoge\foo.exe)
Application.StartupPath　で実行パス(y:\foo\bar)