>自分のディレクトリからは他のファイルをそのまま実行できるけど、そうでない場合はルートから辿ることになる

PATHにカレントディレクトリを含めていればな。中途半端なことを言うな。

実行ファイルはPATHからたどれるものが実行される。
クラスファイルはCLASSPATHからたどれるものが使用される。

実にわかりやすい。