CUIを用いてディレクトリの移動やファイルの実行をしてみると直ぐ分かるよ
自分のディレクトリからは他のファイルをそのまま実行できるけど、そうでない場合はルートから辿ることになる

じゃあそのルートって何処を指してるの？
それはクラスパスに設定されたディレクトリや圧縮ファイルを纏めた、仮想アーカイブディレクトリのこと。
パッケージと呼ばれるものは、さらにその中にあるディレクトリのことで、クラスとはファイルのこと。

だから同じディレクトリ内のものにはそのままアクセスできるけど
ex) prompt> sample.out
     > run...

ディレクトリが変わるとルートから指定(import)してあげなくちゃいけない
ex) prompt> sample2.out
     > file not found
     prompt> /mypackage/sample2.out
     > run..