Windowsの方が良いのかもしれませんが、Javaがらみということで質問させてください。

WindowsNT4.0sp6aにIE6sp1の環境にJ2RE 1.4.2_04がインストールされていました。
Webアプリケーションの都合上1.3.1_10が必要になり1.4.2_04をアンインストール後
1.3.1_10をインストールしたのですが、目的のサイト(厚生労働省の電子申請です)
に行くと
ttp://hanyous.mhlw.go.jp/shinsei/crn/servlet/CRNTetsuzukiServlet?eventCd=EGov&tetsuzukiID=12416

Java(TM) Plug-in 1.4 致命的エラー
Java実行環境を <Default\bin\client\jvm.dll> からロードできませんでした。

というエラーが出て、どうにもならないような状況です。
java -versionではちゃんと1.3.1_10と出ます。
ブラウザはIE5.5sp2以降のみ、J2reのVerもほとんど決め打ちされています。
一時ファイルや履歴とか消したり、IE6アンインストールも試したのですが
どうにもなりません。どこかに設定が残っているのでしょうか？