2つのサーバにＦＴＰでファイルを同じファイル置くんだけど、差分がないかを確認したい。

ある時間で起動ようにして2つのファイルの差分をとると、どうしても若干タイムラグができてしまって、
そのタイムラグの間にファイルを置かれると、もう比較しようがなくなってしまう。

そこで、起動時間より後におかれたファイルは除外したファイルリストを作成して、そのファイルリストの差分を確認するようにしたいです。

このようなプログラムはできますか？