原因が分かったような、わからんような…
Eclipseをインストールしたディレクトリ名を変えるとプラグインが認識されなかった。。
以下の手順だとだめ。
1. Eclipse 3.0のzipファイルをC:\eclipseに展開（C:\eclipse\eclipseというディレクトリができる）
2. ディレクトリ名を変更（C:\eclipse\eclipse-3.0に名前を変更）

複数バージョンのEclipseを共存させたくてこうやってたんだが、これが悪さしたらしい。
2.xではこんなことなかったんだが。