ちょっと意見を聞かせてください。

現在、とあるプログラムを製作中で半年ほどかけて全体の半分ぐらいまで出来てきました。
一番多用されるデータがあるのですが、このデータの形式を変えれば
劇的にデータサイズが減らせることに最近気が付きました。（データのサイズが1/3程度になる）
しかし、データの形式自体が変わってしまうためプログラムの多くの部分を改修せねばなりません。

プログラムの大部分の改修を覚悟してデータ形式の変更を実施したほうがいいのでしょうか？