propertiesファイルの書き方は
DIR_0=
DIR_1=　　ってな感じで番号をつけて書くようにします。

ArrayList test(String args) throws IOException {
　ArrayList list = new ArrayList();
　Properties config = new Properties();
　config.load(new FileInputStream(args));
　int num = 0;
　while (true) {
　　StringBuffer sb = new StringBuffer("DIR_");
　　sb.append(num);
　　String str = config.getProperty(sb.toString());　
　　if (str == null) {
　　　break;
　　} else {
　　　list.add(str);
　　}
　　sb==null;
　　str==null;
　　num++;
　}
　return list;
}

考えてはみましたが、こんな感じでどうでしょ？
ほかに何かいい方法があればご教授を・・・。