VBのGetステートメントでInteger型を読み出そうとするとどうしてもリトルエンディアンで読んでしまいます。
これをビッグエンディアンで読み出す場合は、Byte型の変数を2つ用意し、

（略）
Dim B(0 to 1) as Byte

（略）
Get #1, , B(0)
If (Not EOF(1)) Then
Get #1, , B(1)
a(n) = CInt("&H" & Right("0" & Hex(B(0)), 2) & Right("0" & Hex(B(1)), 2))
（略）
End If
（略）

というようにすればByte型(0〜255)とInteger型(-32768〜32767)の符号関係も考える事なく読み込む事ができます。