アプレットモードとアプリモードと言うか…
Javaの仮想マシンの仕組みから説明した方がいい予感。

Javaで作られたソフトウェアの場合、jarとManifest作って配布する事が多い。
JREが入ってればダブルクリック一発で実行可能で、IEも起動しない。
Java manifestとかで検索してみるといい。