グローバル変数に記録しとけばいいだけの話だろ。
何を悩む必要があるんだ？

hWnd1 = CreateWindow();
hWnd2 = CreateWindow();

WndProc()
{
if (hWnd == hWnd1) {
...
}
else if (hWnd == hWnd2) {

}
}