全権要求は一般的なWebstartとはいえん
自分で適当にサンプル作ってやってみればわかる

プリンタ使うときやファイルの保存やロードのダイアログを出す直前に
確認のダイアログが出る

次からもこのダイアログを出すかどうかのチェックボックスもでる
ただし、アプリ終了したら次回もまた確認の画面はでるが

JNLPAPIの実装でやってるんだろうね
VMがずっと見張っているというのは厳しいからね