これでいける？
汚いソースだけど、誰か採点してください。

short[] foo = new short[6];
int bar = 123456;

String str = Integer.toString(bar);
char[] tmp = new char[str.length()];
str.getChars(0,str.length(),tmp,0);

int MAX;
if(str.length()>6){
MAX=6;
}else{
MAX=str.length();
}

for(i=0;i<MAX;i++){
foo[6-1-i] = Short.parseShort(new String(tmp[str.length()-1-i]));
}