つまりWindowsでMS932で開発してそのコードをFTPで変換して持っていった訳か
FTPクライアントソフトを信頼してない訳じゃないがあまりオススメできないな

どのマシンでも同じようにしたいのならUTF8をデフォにしたほうがいいような

そもそもtelnetで接続コンパイル（コード送ると言うことはそういうことだよね？）
ということからしてあまりいい開発環境ではない

思い切ってWindowsですべてコンパイルしてclassファイルだけ転送ってのはどうだ？
jniや細かい環境依存コード書かない限り問題になることはほとんど無いだろう