この質問の本質は、カレントディレクトリの読み書きではなくて、
「plug-in's installation locationに初期設定用のファイルを置いてそれを
読み込みたいんです」ってことなんだよな。最悪、jar'd pluginの中から
読み込むことになるから自分でFileオブジェクト作るのは厳禁。
Eclipse Official FAQ3.0に考え方が書いてあるから読め。書かれているメソッドはすでに
非推奨になってるが該当するAPIリファレンスにさらに解説があるからあわせてそれもよんどけ。