>>276 config.iniの自動生成をやめさせるだけだったら、Eclipseアプリケーションの
実行設定の中にオプションがあるのでそれを切る。
ただし、Eclipseのbrandingをやるのだったら、プロジェクト中に
.productファイルを作りその中でconfig.iniも含めてPDEを使って管理すべきだと思う。
workspace\.metadata\.plugins\org.eclipse.pde.core\ はPDEを通さずに
自分で触っていい場所ではないから、このままだと同様のトラブルは続くよ。