ツールにミスがある可能性がゼロだと保証する必要もないと思われ。
そんな保証が必要なら、どんなツールも使えない。

ツールで弊害があったときに、その対策ができるかどうか、弊害のコントロールができるかどうかが重要だと思われ。
で、Eclipseで部分的にコードを書き換えることの場合、弊害があったとしてもコントロールはできると判断。