>>47
当初の構想では、秋月のH8マイコンボードを使うつもりだったので、
CPUクロックは16 or 18MHzです。

>>48
クロックは、今から作るボード・プログラム側が供給します。（マスタ）
ターゲットボードがスレーブになります。

そのターゲットボードが2Mbpsで動くかどうかを評価するプログラムを
作るのが目的なので、2Mbps供給が必要です。
GPIOでやったら2Mbpsでるかどうかもわかりませんが、出たとしても、
デューティー比もメチャクチャになりそうですよね。

3GHzのPCにPCIのデジタル入出力ボードを接続してパタパタって
いうのはどうでしょうか。