今はすべてが過渡期。
WinForm も、Win32 API の上で動いているし、ちょっと複雑なことをやろうとすると
(たとえばカスタムコントロールを作ろうとか)Win32 API を呼ぶしかない。
Java と異なり、UI / Display の仮想化のメカニズムがないからだ。

これは OS のシステムコールレベルで .NET VM 化されるといわれている
LongHorn OS になる 2006年以降になるまでは解決しない。

だからといって、そのときまで今のまま。ということはないわけで、OS のいろんな
サービスが .NET でしかサポートされない。ということが増えていくだろうよ