>>498
vsvars32.batしてからcygwin.batを起動するとか。

あと直接の答えではないけど逆にWindowsの環境変数PATHにCygwin\binを追加しちゃうというのもありかもね。
その状態で
C:\>vsvars32.bat && "bash yourscript"
を実行するとか