ヘッダを特定のnamespaceに閉じ込めることはできますが、
リンクされるライブラリの方を特定のnamespaceの中に入れるには
どうしたらいいのでしょうか？

具体的な問題は、
「namespace A」に置かれるクラスとライブラリa.hとa.lib、
a.hとa.libをリンクして作られるライブラリb.hとb.lib、があり、
このb.hとb.libを、namespace Aで作られるライブラリCでも利用したいということです。
DLLであれば、それぞれスタティックリンクされるため、このような問題は起きませんが、
スタティックリンクだと、ライブラリCのビルドモデルが変わったり、
一部の仕様が変わると問題が起きます。

構造的にはこのような感じにしたいのです。
namespace A{
ファイルアクセスクラス(b.libを作った時とは変更されている)
namespace B{
namespace A{
ファイルアクセスクラス
}
}
}
「ファイルアクセスクラス」を同じファイルでも別の実体としてリンクしたい。