EclipseはたしかにいいIDEだけど初心者に勧めるならNetBeansかな
GUIエディタが標準であるおかげでフォームぺたぺた作る場合やりやすい

Eclipseはguiエディタ選べるのが利点なんだろうけど、俺の環境で
まともに動いたのはVEだけだったし、そのVEもまだまだ遠い
GUIはNetBeansで整形してコードはEclipseという手もあることはある

自動生成コード部分が保護されるってのは初心者に優しいような気もする

どっちにしろIDEを自由に選べるのがjavaの利点かも
商用ならJBuilderがUMLとの連携でかなり安くて強いしStrutsコンバータは便利
敷居はEclipseやNetBeansより大幅に低い