原因は、自分じゃなくて操作しようとしてる相手にあるかもしれないから、厄介だね。
しかも、長時間稼動しなければ発生しないとなるとなおさらだ。

きりわけをする為に、
SetForegroundWindows　とか、相手に投げてるメッセージを探して
それを連続して投げてみて同じ事が起きないか順に見てみたら？
SendInput も1回だけじゃなくてSHIFTとか関係なさそうなのを連続して投げてみるとかしてさ