>>662
まずはドメイン領域の設計とレイヤ設計を分けて考えることをお勧めします。

んで、ドメイン領域の設計はUML教科書の通りにすれば良いのかと。
（会社クラスと組織クラスと従業員クラスが関連を持ってる、みたいな形ね）

レイヤ設計、というかアーキテクト設計は、ドメインをどうやって操作するのかを
表現すればいいのかと。

例えばこんな形ね。
http://www-06.ibm.com/jp/software/websphere/developer/j2ee/lightweight/
（私はSpring遣いなので、これをもっと詳しく書いた設計図を各プロジェクト共通の
アーキテクト設計書として使いまわしています）