AMD64では汎用レジスタもXMMレジスタも二倍の16個になってますが
命令によって使えるレジスタの制限は386とほとんど同じです。

AH〜DHレジスタと追加されたBPL,SPL,SIL,DIL/R8〜R15レジスタをひとつの命令で同時に
指定できないという新しい制限もありますが、xHレジスタ自体あまり使わないと思うので
こちらはほとんど問題にならないと思います。
# 覚えてないと稀にハマることがありますが・・・

また、拡張されたレジスタは従来のレジスタを使うより命令長が１バイト長くなることが多いので
スペース優先最適化をしたりパディング合わせをする場合は注意が必要です。

それらを踏まえ、SIL/DIL等の下位バイトレジスタが使えるようになった事でレジスタの価値は
ほぼ同列になり、汎用レジスタが２倍になった事でIA32よりも変数を多く使うプログラムが書きやすい
アーキテクチャになったと思います。