俺は、エクリプスで開発するプロジェクトへ行くと、必ず統合環境を使わないで、
コマンドラインからコンパイルしたり、テストしたりするようにしてる。

javadoc生成ももちろんコマンドライン。

jar,warファイル生成もコマンドライン。

そっちのほうが、正直やりやすいし、単純明快。