>>414
デフォルトパッケージのソースはsrcの直下に格納します。
パッケージ名のあるソースはsrc/パッケージ名に格納します。

テスト対象とテストのフォルダは分けたほうがファイル一覧が見やすいです。
EclipseのJavaプロジェクトでソースフォルダを複数指定することで
テストクラスから物理的に別フォルダにあるテスト対象クラスの
protectedメンバーに同一パッケージのクラスとしてアクセスできます。

クラスファイルはすべてbinの下になります。

DataとJSPは本来Eclipseには関係ないので好きなところに置けます。
Eclipseプラグインで編集したいならプロジェクトの下に置いてください。
ただしbinの中に直接置くとEclipseが勝手に消します。
binの中に置きたい場合はsrcの中に置くとEclipseがbinにコピーします。
プロジェクト直下に置けば消えないしコピーもされません。

■推奨フォルダ構成
xxx (プロジェクトフォルダ)
├src　←　xxxのmainソース格納(mainがデフォルトパッケージの場合)
｜├package1　←　package1ソース格納
｜├package2　←　package2ソース格納
｜└package3　←　package3ソース格納
├test　←　mainテストソース格納
｜├package1　←　package1テストソース格納
｜├package2　←　package2テストソース格納
｜└package3　←　package3テストソース格納
├bin　←　mainクラスとmainテストクラス格納
｜├package1　←　package1クラスとpackage1テストクラス格納
｜├　…
├Data
├JSP